目前几乎所有的高压灭菌器都要求工作时使用蒸馏水或纯水，因为蒸馏水具有纯净、无杂质、无离子，不会产生水垢等特性。如果高压灭菌器不使用蒸馏水，会对机器造成损伤。如细管路堵塞，干燥后在手机表面形成水垢、水斑，并沉积在高压灭菌器内的蒸汽传感器，温度传感器表面上，使传感器工作失常，影响高压灭菌器的正常使用，所以使用纯净的蒸馏水很重要。按照国际标准，高压灭菌器使用的纯净水的电导率不要超过15us/cm，但目前许多医院都是自己生产或外购蒸馏水，如生产过程控制不好，会使其中的水质有高有低，另外一个原因是部分高压灭菌器内部循环使用蒸馏水，这会造成水质持续下降.大约三年左右的时间，机器产生故障的概率很高。
检测蒸馏水的水质非常重要，目前有些全自动预真空压力蒸汽灭菌器具有自动实时检测蒸馏水质的功能，电导率达到40us/cm设置报警，电导率达到65us/cm设置自动停机，有效防止高压灭菌器故障，还可连接专用的去离子水装置，实现连续供应合格的纯净去离子水，避免经常添加蒸馏水的麻烦。
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